Para poder solucionar este dilema del container y que me hiciera caso y envolviera la maquetación, se recomienda setear el código CSS con un:

Overflow: auto;

 

el css usado:

body {
margin:0;
padding:0;
}

#container {
margin-top:5px;
border: 1px solid #000000;
width:80%;
overflow:auto;
}

#left {
width: 45%;
float: left;
background:#666666;
color:#FFFFFF;
padding:5px;
}

#right {
width: 45%;
float: right;
background:#666666;
color:#FFFFFF;
padding:5px;
}